空间转录组是指从一个完整的组织样本中获得全部的转录组数据，并且能够从时间和空间上反应组织在特定区域的表达情况。是一项突破性的技术，弥补了传统单细胞转录组测序所不能体现的位置信息，对于RNA转录后水平的调控具有重要意义，对细胞功能的探究提供了更加精确的依据，对于理解疾病病理学也至关重要。广泛应用于肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、脑神经学、病理学等领域。

技术原理

对新鲜冷冻组织进行切片并放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，进行固定、染色和透化，促使细胞中的mRNA释放，mRNA从组织的近端位置结合捕获寡核苷酸，以捕获的RNA为模板进行cDNA合成，构建文库并进行测序，最后进行可视化分析。

空间转录组实验流程

技术优势

对多种样本的完整组织切片实现无偏且高通量的基因表达分析

分析同一组织切片的组织学和mRNA图谱，发现新的组织标志物

揭示生物学结构，并了解局部细胞在正常组织和患病组织中如何相互作用

在开展基因表达研究时不再需要解离样本

表征细胞群体，而无需预先了解细胞亚型或细胞标志物

分析和了解基因表达异质性以及这对生物系统有何贡献

通过增加基因表达信息来确认、鉴定或排除形态学结论

应用方向

肿瘤异质性 

组织形态学 

宿主移植反应 

组织发育机制

治疗干预反应 

生物标志物发现 

细胞图谱

……